1. 81年7月1日，奉行政院核定，將委託臺灣省代徵之國稅收回，並設臺灣省北、中、南三區國稅局，正式辦理臺灣省各地區國稅局稽徵業務，惟所屬之分局、稽徵所則延至同年9月1日開始運作。
2. 楊重華先生奉派擔任首任局長，成立初期局址設於臺南市西門路。

　83年3月7日王得山先生奉派擔任本局第二任局長。

　84年7月1日本局遷移至臺南市富北街7號現址。

　85年7月29日林吉昌先生奉派擔任本局第三任局長。

1. 89年2月臺灣省南區國稅局臺東分局新建辦公大樓，以提供更寬廣優良的稽徵環境，為納稅人服務。
2. 89年6月23日許虞哲先生奉派擔任本局第四任局長。
3. 89年8月1日臺灣省南區國稅局嘉義縣分局與嘉義縣稅捐稽徵處合署辦公。
4. 89年7月28日財政部臺灣省南區國稅局朴子稽徵所於配合嘉義縣稅捐稽徵處總分處轄區調整，轄區變更為民雄鄉、大林鎮、竹崎鄉、梅山鄉、溪口鄉等5鄉鎮，更名為民雄稽徵所，辦公處所由朴子遷移至民雄。

　91年7月1日配合嘉義縣稅捐稽徵處總分處轄區調整，原隸屬嘉義縣分局之嘉義縣新港鄉國稅稽徵業務，改隸屬財政部臺灣省南區國稅局民雄稽徵所。

1. 92年1月1日起，原由各縣市政府所屬稅捐稽徵處代徵之營業稅移撥國稅局徵收。
2. 92年1月27日朱正雄先生奉派擔任本局第五任局長。
3. 92年12月19日臺灣省南區國稅局潮州稽徵所新建辦公大樓，以提供更寬廣優良的稽徵環境，為納稅人服務。

　94年1月10日臺灣省南區國稅局屏東分局新建辦公大樓，以提供更寬廣優良的稽徵環境，為納稅人服務。

　96年8月10日邱政茂先生奉派擔任本局第六任局長。

　98年4月28日財政部臺灣省南區國稅局澎湖縣分局新建辦公大樓，以提供更寬廣優良的稽徵環境，為納稅人服務。

1. 99年5月7日財政部於南區國稅局舉辦工商座談會，李部長述德親臨主持，會議中獲得多項共識。
2. 99年6月30日許春安先生奉派擔任本局第七任局長。
3. 99年12月25日配合高雄縣市(合併)改制，移撥高雄縣分局、岡山稽徵所及旗山稽徵所予高雄國稅局。

1. 自100年1月1日起，配合縣市合併改制，南區國稅局服務轄區調整本局「臺南縣分局」更名為「新營分局」、「臺南市分局」更名為「臺南分局」。
2. 100年9月1日因應組織改造，財政部臺灣省南區國稅局科室新組織開始運作，原服務科研考股業務劃分為規劃設計股及管制考核股，並與稽核科業務合併後成立綜合規劃科，資訊科更名為稅務資訊科。
3. 100年10月21日財政部假南區國稅局開辦「100年主管人員研習班」課程，由李部長述德講授「後ECFA之財政政策」及主持綜合座談。

1. 101年3月9日蕭樹村先生奉派擔任本局第八任局長。
2. 101年7月16日洪吉山先生奉派擔任本局第九任局長。
3. 101年9月23日協辦「財政部101年統一發票盃臺南場路跑活動」在安平林默娘公園舉辦，由財政部部長張盛和、第一金控董事長蔡慶年等帶領開跑。

1. 自102年1月1日配合政府組織改造措施，本局變更機關名稱為「財政部南區國稅局」，「嘉義市分局」更名為「嘉義分局」、「嘉義縣分局」更名為「太保分局」、「屏東縣分局」更名為「屏東分局」、「臺東縣分局」更名為「臺東分局」、「澎湖縣分局」更名為「澎湖分局」，並將所屬分局及稽徵所原設置第一、二、三及四課(股)改以業務功能命名，分別更名為「營所遺贈稅課(股)」、「綜所稅課(股)」、「銷售稅課(股)」及「服務管理課(股)」或「工商稅股」。
2. 102年9月1日本局「嘉義分局」更名為「嘉義市分局」、「太保分局」更名為「嘉義縣分局」。
3. 102年10月20日協辦「財政部102年統一發票盃臺東場路跑活動」在臺東森林公園舉辦，由財政部常務次長許虞哲、第一金控董事長蔡慶年等帶領開跑。

　103年6月22日協辦「財政部103年統一發票盃嘉義場路跑活動」在嘉義市港坪運動公園舉辦，由財政部部長張盛和、臺灣企銀董事長廖燦昌等帶領開跑。

　104年4月26日協辦「財政部104年統一發票盃臺南場路跑活動」在臺南市都會公園舉辦，由財政部政務次長吳當傑、華南金控董事長劉燈城等帶領開跑。

1. 105年6月4日蔡碧珍女士奉派擔任本局第十任局長。
2. 105年6月19日協辦「財政部105年統一發票盃嘉義場路跑活動」在嘉義縣政府前廣場舉辦，由財政部政務次長莊翠雲、第一金控董事長蔡慶年等帶領開跑。

1. 106年1月16日盧貞秀女士奉派擔任本局第十一任局長。
2. 106年11月23日財政部南區國稅局安南稽徵所與臺南市政府財政稅務局安南分局合署辦公。
3. 106年10月22日協辦「財政部106年統一發票盃臺南場路跑活動」在南部科學工業園區西拉雅廣場舉辦，由財政部政務次長蘇建榮、兆豐金控董事長張兆順等帶領開跑。

1. 107年4月22日協辦「財政部107年統一發票盃臺東場路跑活動」在臺東森林公園舉辦，由財政部政務次長蘇建榮、第一金控董事長董瑞斌等帶領開跑。
2. 107年11月14日財政部南區國稅局新營分局與臺南市政府財政稅務局新營分局合署辦公。

1. 108年10月14日財政部南區國稅局佳里稽徵所與臺南市政府財政稅務局佳里分局合署辦公。
2. 108年11月10日協辦「財政部108年統一發票盃臺南場路跑活動」在臺南烏山頭水庫風景區舉辦，由財政部蘇建榮部長、合庫金控公司雷仲達董事長等帶領開跑。

　109年8月30日承辦「財政部109年統一發票盃屏東場路跑活動」，在屏東墾丁國家森林遊樂區舉辦，由財政部蘇建榮部長、兆豐金控張兆順董事長等帶領開跑。

1. 111年8月1日「財政部南區國稅局職場互助教保服務中心」於屏東分局4樓正式營運，營造友善職場環境。
2. 111年12月4日協辦「財政部111年統一發票盃暨國民法官新制路跑活動」，由財政部蘇建榮部長、司法院許宗力院長、合庫金控雷仲達董事長等帶領開跑。

1. 112年1月16日財政部南區國稅局配合政府組織改造措施，依中央行政機關組織基準法相關規定，將一級內部單位「科」調整為「組」。
2. 112年7月16日李雅晶女士奉派擔任本局第十二任局長。