1. 局內組室：6組5室
   設局長、副局長、主任秘書、政風室、監察室、主計室、人事室、秘書室、營所稅組、綜所遺贈稅組、銷售稅組、法務組、綜合行政組、徵收及資訊組。
2. 7個分局
   設嘉義市、嘉義縣、新營、臺南、屏東、臺東、澎湖等7個分局。
3. 7個稽徵所
   設民雄、安南、新化、佳里、東港、潮州及恆春等7個稽徵所。
4. 臺南分局及新化稽徵所設有，營所遺贈稅課(股)、綜所稅課(股)、銷售稅一課(股)、銷售稅二課(股)、服務管理課(股)。
5. 嘉義縣分局、嘉義市分局、新營分局、臺東分局、屏東分局、民雄稽徵所、佳里稽徵所、安南稽徵所及潮州稽徵所設有，營所遺贈稅課(股)、綜所稅課(股)、銷售稅課(股)、服務管理課(股)。
6. 東港稽徵所設有，營所遺贈稅股、銷售稅股、服務管理股。
7. 澎湖分局及恆春稽徵所設有，工商稅課(股)及服務管理課(股)。