一、局內科室：10科5室
　　設局長、副局長、主任秘書、政風室、監察室 、主計室 、人事室 、 秘書室 、 徵收科 、稅務資訊科、綜合規劃科 、 服務科 、審查一科 、 審查二科 、 審查三科 、 審查四科 、 法務一科 、 法務二科。

二、7個分局
　　設嘉義市、嘉義縣、新營、臺南、屏東、臺東、澎湖等七個分局

三、7個稽徵所
　　設民雄、安南、新化、佳里、東港、潮州及恆春等七個稽徵所。

四、臺南分局及新化稽徵所設有，營所遺贈稅課(股)、綜所稅課(股)、銷售稅一課(股)、銷售稅二課(股)、服務管理課(股)。

五、嘉義縣分局、嘉義市分局、新營分局、臺東分局、屏東分局、民雄稽徵所、佳里稽徵所、安南稽徵所及潮州稽徵所設有，營所遺贈稅課(股)、綜所稅課(股)、銷售稅課(股))、服務管理課(股)。

六、東港稽徵所設有，營所遺贈稅股、銷售稅股、服務管理股。

七、澎湖分局及恆春稽徵所設有，工商稅課(股)及服務管理課(股)。